Die Stadt Schweinfurt ist im christlichen Glauben nahezu halb evangelisch, halb katholisch. Die Ursachen sind im Dreißigjährigen Krieg zu suchen, als die Truppen des Schwedenkönigs Gustav Adolf hierher kamen. Als bedeutendste Vertreter der zwei Konfessionen sollen die evangelische Kirche St. Johannis (Bild links) auf dem Martin-Luther-Platz und die katholische Kirche Heilig Geist (Bild rechts) in der Schultesstraße genannt werden.Die St.-Johannis-Kirche ist das älteste Baudenkmal nördlich des Marktplatzes, eine erste schriftliche Erwähnung findet sich im Jahr 1237. Zu Beginn des 15. Jh.s entstand der gotische Chor. In den folgenden Jahrhunderten wurde am Gotteshaus immer wieder gebaut, so dass ein stilistischer Mix aus unterschiedlichen Epochen entstanden ist. Seit 1542 ist die St. Johannis-Kirche die wichtigste reformierte Kirche und dient als Stadtpfarrkirche der evangelischen Gemeinde. Die Ausstattung im Inneren ist für eine protestantische Kirche als durchaus opulent zu bezeichnen. Besonders sehenswert sind: der Taufstein mit seiner originalen Malerei (1367) und die barocke Kanzel (1694). Das Bauwerk ist eines der wichtigsten kirchlichen Baudenkmäler zwischen Bamberg und Würzburg.
Mitte des 15. Jh. wurde eine mit dem Spital zum Hl. Geist verbundene Spitalkirche errichtet und 1554 (Zweites Stadtverderben) fast vollständig zerstört. Ende des 16. Jh.s wurde ein neues Gotteshaus im gotischen Baustil erbaut. Nach Abriss der alten Kirche entstand (1897-1902) der heutige Bau im neuromanischen Stil. Sehenswert sind: Hauptportal mit Figur Königs David und Darstellung des 1. Pfingstfestes, 2 Nebenportale (Prophet Zacharias, Taufe Christi, Verkündigungsszene), Turm mit Marienstatue (mehre Meter hoch), vier Altäre im Innern der Kirche.
Im Stadtteil Zürch steht die evangelische Kirche St. Salvator und sie wurde schon 1412 als damalige Liebfrauenkirche geweiht. Von dem Ursprungsbau ist heute noch der Chor erhalten. Auf den Treppen der Kirche wurde 1532 die erste reformatorische Predigt gehört. Das heutige Gotteshaus wurde 1717–1719 erbaut. Im 2. Weltkrieg völlig ausgebrannt wurde es bis 1953 wieder komplett rekonstruiert. Sehenswert sind: Posaunenengel auf der Kuppelhaube, frühere Wetterfahne; Friedrich Rückert dichtete: »Doch er ist nicht gut gelaunet, sah ich doch beim letzten Schein, weil er aus der Stadt posaunet und sein Hintres kehrt hinein.«